История кафедры начинается с момента основания института в 1942 году.
Кафедра теоретической ядерной физики была создана одновременно с созданием МИФИ. Первым заведующим стал крупнейший физик-теоретик, академик, лауреат Нобелевской премии И.Е.Тамм. Первые преподаватели кафедры – известные физики-теоретики, академики М.А.Леонтович, И.Я. Померанчук, Е.Л.Фейнберг. Несколько позже к ним присоединились А.Б.Мигдал, Я.А.Смородинский, А.Д.Галанин, а через несколько лет В.Г.Левич и А.С. Компанеец. Они были ведущими специалистами в различных областях теоретической физики, что позволило обеспечить чтение лекций для студентов по всем разделам физики. В первые годы существования кафедры подготовка по теоретической специальности не проводилась. Те студенты, которые проявляли склонность к занятиям теоретической физикой, занимались по обычной программе для физиков-экспериментаторов и дополнительно готовились в индивидуальном порядке. Среди таких выпускников кафедры можно назвать известных физиков-теоретиков А.М. Балдина, Ю.М.Кагана, Л.Б.Окуня (впоследствии академиков), В.М. Галицкого и В.Я.Файнберга (впоследствии членов-корреспондентов Академии наук), С.И.Брагинского,В.И.Когана,А.П.Рудика.